El colegio Benigno Malo es una institución educativa pública de Cuenca, Ecuador. Fue fundado en 1858 como Colegio Nacional San Gregorio y luego cambió su nombre en honor al escritor y político cuencano Benigno Malo.
El edificio del colegio es considerado un monumento histórico del mundo por su valor cultural y su arquitectura neoclásica, con una fachada de piedra y ladrillo, un patio central con una fuente y un reloj, y una cúpula que se eleva sobre el edificio.
El colegio ofrece educación secundaria en las modalidades de bachillerato general unificado y bachillerato internacional.
La historia de la construcción y el diseño del colegio Benigno Malo se remonta a 1910, cuando el colegio cambió de nombre en honor a un ilustre cuencano del siglo XIX. El nuevo local se inició en 1930, con un diseño neoclásico francés inspirado en la Universidad de Lyon, a cargo del arquitecto Luis Felipe Donoso Barba.
La construcción se financió con impuestos a algunas empresas locales y se concluyó en 1937. El colegio es un hito histórico, cultural y arquitectónico de Cuenca, que testimonia una etapa crucial en el desarrollo de la educación y la sociedad cuencana.