La historia del edificio ubicado en la esquina de las calles Benigno Malo y Simón Bolívar se remonta a inicios del siglo XIX, cuando en el año 1813 se funda en Cuenca el primer Seminario Conciliar, dedicado a San Luis. Su objetivo fue el enseñar doctrina teológica, además se impartía clases de Derecho y Medicina.